念珠菌阴道炎也称为阴道假丝酵母菌病，治疗主要是消除诱因，根据患者的情况选择局部或者全身应用抗真菌药物。
第一个是消除诱因，如果有糖尿病的应积极的治疗，及时停用广谱抗生素，雌激素抑制皮质类固醇激素，勤换内裤，用过的内裤，盆以及毛巾均应用开水烫洗。如果是单纯的外阴阴道假死酵母菌病的治疗，可以局部用药也可以全身用药，主要是以局部短疗程的抗真菌药物为主，全身用药与局部用药疗效相似，治愈率是80%到90%类，这类药物的疗效高于制霉菌素类。
局部用药可用下列的药物放于阴道内，一个是咪康唑栓剂每晚一粒，也就是二百毫克连用七日，或者是每晚一粒400mg连用三日或者是一粒1200毫克单次用药。第二个是克霉唑栓，克霉唑栓每晚一粒150毫克塞入阴道深部连用七日，或者是每日早晚各一粒150毫克应用三日，是一粒五百毫克单次用药。
第三个就是制霉菌素栓剂，每晚一粒十万个单位，连用十到十四日，如果是全身用药，对于不能耐受局部用药者，未婚以及不愿意采用局部用药者可以选用口服药物，药物是氟康唑150毫克顿服。
此病无需对性伴侣进行常规的治疗，有15%的男性与女性患者接触以后会有龟头炎，对有症状的男性应该进行酵母菌的检查治疗，预防女性的重复感染，随访如果是症状持续或者是诊后两个月内复发者，需要再次复诊，对于治疗结束以后七到十四日，一个月、三个月、六个月各随访一次，三个月以及六个月，建议同时进行真菌培养。
