第一个是全身应用药物，全身用药，初次治疗，可以选择甲硝唑2g单次口服或者是替硝唑2g单次口服，或者是甲硝唑四百毫克，每日两次，连服七日，口服药物的治愈率大概是90%到95%，服药以后偶有胃肠道反应，比如说食欲减退、恶心、呕吐，此外有头痛、皮疹、白细胞减少等，这个比较少见，但是一旦发现，应该立即停药。甲硝唑用药期间一停药24小时以内，替硝唑用药期间以及停药72小时以内，这个时间段禁止饮酒，哺乳期用药不易哺乳。
第二个是性伴侣的治疗，滴虫性阴道炎主要是性传播，性伴侣应该同时治疗，并告知患者以及性伴侣治愈期间，治愈以前，应该避免无保护性交。
第三个就是随访以及治疗失败的处理，此病的患者再感染的发生率非常高，可以考虑对患有滴虫性阴道炎的活跃的女性，性活跃的女性在最初感染三个月以，后应该进行重新的筛查，对于甲硝唑2g口服治疗失败，且排除再次感染的，应该增加甲硝唑的疗程以及剂量，往往是比较有效的。
治疗期间应该注意有复发症状的病例，多数为重复感染，为避免的重复感染，内裤以及毛巾应该煮沸五到十分钟以消灭病原体，对性伴侣进行治疗，因为滴虫性阴道炎可以合并其他的性传播疾病，应该注意检查有没有其他的性传播疾病。
