肛瘘一旦形成一般情况下是没有自愈的可能的,主要原因是因为肛门部不能静养,脓腔不宜粘合,排便排尿时括约肌收缩或因炎症的刺激造成肛门括约肌刺激,使肛门括约肌出现痉挛症状内扩存在,脓肿虽然破溃或者是已经切开引流但原发的感染源,肛窦炎,肛感染依然存在,肠腔内容物还可以从内口继续进入瘘管造成进一步的感染。
管腔难以闭合,肠腔中的粪便肠液和气体继续进入瘘管刺激管,使管壁结缔组织增生变厚管腔难以闭合的,引流不畅,管道都在不同高度穿过肛门括约肌,括约肌阻碍脓液排出以致引流不畅,容易出现新的瘘管脓腔引流不畅时或者是外口缩小,脓液聚集时导致脓肿再发病穿破而形成新的瘘道,所以肛瘘不可以自愈就需要及时的手术治疗。