大部分的肝囊肿没有什么明显的危害，只有很少一部分就是肝脓肿的病人可引起一些比较严重的合并症，极少数病人还可以发生癌变这些最严重的危害。
肝囊肿在临床上我们一般都是指先天性的肝囊肿，先天性的肝囊肿又可以分为单发性和多发性的两种。单发性的肝囊肿比较少见，尸检检出率为0.16%-0.19%，于女性多见，男女之比发的比例大概是一比四，可以出现于任何年龄，但是以二十到五十岁的多见。
单发性的囊肿有的囊肿小有的囊肿大，小的囊肿一般都没有明显的症状，也不需要进行特殊处理，所以这种的危害就很小，大的囊肿在引起症状之后经过治疗，也不会引起什么特殊的危害，所以这种危害也比较小。
在多发性肝囊肿有两种，一种是散在的肝实质内很小的囊肿，仅在在腹部手术探查肝脏的时候发现，这种的肝囊肿对身体危害性非常小，基本上没有什么危害。另外一种叫做多囊肝，比多发的多见。大多数的病人了可以合并多囊症，也可以合并有胰腺、脾脏、卵巢、肺的囊肿，多见于四十到六十女性。
多发性的肝囊肿很少引起门静脉高压和食管静脉曲张，但可以合并有胆管狭窄、胆管炎、还有肝炎，晚期还可以引起肝功能损害，出现腹水、黄疸、肝脾肿大、食管静脉曲张，腹壁静脉扩张等等。大约有19%的肝脏的海绵状血管瘤，合并有多囊肝，还有很少的，极少部分的多发性肝囊肿的病人，还会合并有癌变。
