主要有两个区别，分别是用药目的及批准文号。
首先来看用药目的的区别，药品是指用于预防治疗诊断人的疾病，有目的的调节人的生理机能，并规定有适应症或者功能主治，用法用量的物质，包括中药材，中药饮片，中成药，以及化学的原料药，以及原料药的制剂抗生素，生化药品，放射性药品，血清，疫苗，血液制品和诊断药品等。而保健品又被称为保健食品，它也能调节人的机能，但只用于特定的人群，且不以治疗疾病为目的，保健品是不能代替药品。
它俩在批准文号上也有不同，药品在包装上能够看到的批准文号是国药准字H或者是字母ZSGBF等，再加上八位数字，它的意思是国家药监局批准生产上市销售的药品。其中，字母H代表化学药品，字母Z代表中成药，字母S代表生物制剂制品，字母G代表进口药品国内分包装，字母b代表具有辅助治疗作用的药品，字母F的意思是药用辅料。
保健品在包装上一定能够看到药监局的批准文号或食健字G或者是J，再加上年号及流水号。其中字母G代表国产，字母J代表进口，或者是卫生部的批准文号卫食健字，再加上年号，加流水号。在包装和标签上方必须标有保健品的特殊标识，就是一个类似蓝帽子的图案，下面有保健食品四个字，保健食品四个字下面是批准文号。
