川崎病的病因目前尚不明确,但是大量的流行病学和临床的观察显示,川崎病是由感染所致,鉴于这种自限性的疾病所表现出的发热,皮疹,结膜充血,颈淋巴结肿大,以及好发于儿童,爆发流行性时,明显的地域分布,都提示其发病与感染有关,然而,标准的和更先进的病毒及细菌的检测手段和血清学检查,均无法确定微生物是致病的唯一原因。
尽管最初曾报道有大量可能感染因素,包括eb病毒,人类疱疹病毒,人类细小病毒等,但进一步研究均无法证实,在日本及美国,由于暴发流行期间,曾有某些家庭有洗涤地毯的经历,所以家庭中的尘螨也被认为是致病菌因素,同样也是偶然才发现,其他多种环境因素也被认为是致病因素,包括使用某些药物,接触宠物以及免疫反应,但都未被确认。