主要有以下几点：
第一、下腹痛和痛经，疼痛是内异症的主要症状，典型的症状为继发性的痛经、进行性的加重，常常在月经来潮时出现并持续到整个经期。疼痛严重的程度与病灶的大小不一定成正比，少数的患者可以表现为持续性的下腹痛，经期加剧。还有27%-40%的患者没有痛经，痛经不是内异症诊断的必须的症状。
第二、不孕，内异症的患者不孕率高达40%左右。
第三、性交不适，多表现为直肠的子宫陷凹有异位的病灶或者是局部的黏连使子宫后倾，为固定。
第四、月经异常，15%到30%患者可以表现为经量的增多、经期的延长、月经淋漓不净或者经前期的点滴的出血。
第五、其它特殊的症状，盆腔任何部位有异位的内膜种植生长时，都会出现周期的疼痛出血和盆腔的包块，并出现相应的症状。比如肠道的内异症会出现腹痛、腹泻、便秘或者是周期性的少量的变形，严重的可以产生压迫而出现肠梗阻的表现。
膀胱的内异症在经期可以出现尿频、尿痛的症状，压迫输尿管时会引起输尿管狭窄、堵塞、甚至腰痛和血尿，甚至形成肾盂积水或者继发性的肾萎缩。
手术瘢痕比如剖宫产术后或者会阴侧切术后数月或者数年，可以出现周期性瘢痕处的疼痛和包块。如果卵巢子宫内膜异位囊肿破裂时，可以出现急性的腹痛。
