结膜炎的鉴别主要依靠临床症状、主要体征和病原学检查。
临床症状和主要体征出现的部位不同,有助于结膜炎的鉴别诊断,其中结膜滤泡和乳头出现的位置、形态、大小,均是重要的诊断和鉴别依据。
例如沙眼的炎症,上睑结膜较下睑严重,滤泡常出现在上睑膜的边缘,而包含体性的结膜炎的滤泡增值性的改变,更常见于下睑结膜。分泌物的多少以及性质、真膜、伪膜、溃疡、疱疹、角膜炎以及血管是否存在,而前淋巴结是否肿大,皆助于诊断不同,结膜炎临床特征和诊断要点也不同。
病原学检查为了病因诊断和正确治疗,有时必须进行病原性检查,例如淋球菌引起的结膜炎,在结膜上皮和中性粒细胞的细胞内可找到成双排列的淋球菌,必要时可做细菌和真菌的培养,药物敏感试验等。