环磷酰胺有时可发生严重副作用。早期副作用有：
①严重的骨髓抑制，血白细胞减少，多在用药过程中的10～14天出现，但在停药2周后常可恢复。
②发生感染。
③出血性膀胱炎，与剂量呈正相关。
④有约半数病人会发生脱发，但停药后会恢复。
⑤恶心、呕吐等消化系统症状，在较大剂量静脉注射时较常见，一般在注射后6小时出现，持续约4小时。
远期副作用为：
①睾丸生精能力损害：有人认为副作用与本药的疗程长短呈正相关，小于100天者，很少发生精子缺乏症，大于100天者，发生率可达57%，故认为，剂量应少于每日3mg/kg，疗程<90天，累积剂量应<250mg/kg。如此用法，即使发生精子缺乏也可能恢复。女性生殖系统副作用较轻，然而亦有报告会发生停经，卵巢纤维化。
②发生恶性肿瘤，较常见的是膀胱癌、生殖系统癌、急性白血病、其发生率与本药累计总剂量呈正相关，例如发生急性白血病者其累计总剂量常大于25g。Feehally报告，本药能使循环性辅助性T细胞减少，在停药后仍可持续达6个月，这可能是用本药后较易发生癌肿的原因。
综上所述，本药虽副作用较大，但如能遵守上述的使用方法，一般不会产生严重的不良后果，特别是在有明确适应症时，应当机立断地使用之。
