目前的医学水平还没有治疗肾囊肿的特效方法,对于小的肾囊肿无症状时不需要做任何治疗,但要定期复查,观察囊肿是否继续增大,无症状者应经常进行尿液检查,包括尿常规、尿培养,每半年至一年进行一次肾功能检查,包括内肌酐清除率,由于感染是本病恶化的重要原因,若非十分必要不要进行尿路创伤性的检查。
肾囊肿穿刺作用不大,不仅易于感染,同时易于复发,而且经过长期观察,该术也不能延缓肾功能损坏的发生,手术切除囊肿也不是一件容易的事,因为肾表面的囊肿可以切掉,但要切掉埋在肾脏深处的囊肿就相当困难了,肿物较大且有恶变可能性。