急性的细菌性痢疾的典型的病变过程是,一开始是急性的卡他性的炎症,就会出现特征性的假膜和溃疡,最后愈合。肠黏膜基本的病理变化,是弥漫性纤维蛋白的渗出性炎症。这个过程是这样的:早期是点状的出血,进一步发展,肠黏膜上皮形成浅表的坏死,会有大量的黏液脓性渗出物,渗出物中有大量的纤维素,与坏死的炎症细胞、红细胞以及细菌一起形成特征性的假膜,假膜在一周左右开始脱落,在脱落的位置形成地图状的溃疡。
慢性细菌性痢疾,肠黏膜水肿和肠壁增厚,肠黏膜溃疡不断形成,不断修复,慢慢的就形成了瘢痕和息肉,所以少数的病例会出现肠腔的狭窄。