多形性腺瘤有很大程度的形态学变异,肿瘤细胞类型多样,组织结构复杂,其主要成分有包膜,上皮和肌上皮细胞,间液和间质成分。有无包膜和包膜厚度不定,研究表明其厚度在15到1750微米。在主要为黏液样成分的肿瘤可能实际上无包膜,肿瘤直接与近邻涎腺组织相邻。多数肿瘤都有向包膜突入的指状突起,肿瘤在有包膜附近或沿包膜形成裂隙的趋向。
上皮细胞成分的细胞类型变化多,包括立方样,基底样,鳞状,梭形,浆细胞样和透明细胞。上皮细胞通常形成片状或管状结构,间液样成分为黏液样、软骨样或透明变样,有时可构成肿瘤的大部分。黏液样物质中的肿瘤细胞是肌上皮细胞,外围细胞倾向于和周围间质混合,软骨样组织似乎为真性软骨,呈二型胶原和硫酸角质素阳性,偶尔构成肿瘤的大部分,软骨内可形成骨间质也可直接发生骨化生。肿瘤细胞和间质内均质的玻璃样物质沉淀在某些肿瘤中很明显,形成球状或片状弹性蛋白阳性。