一般临床上进行肾脏病理学检查是急性间质性肾炎诊断的金标准。除了感染相关性急性间质性肾炎外,其他类型的急性间质性肾炎患者都应当积极进行肾穿刺活检检查,以区别肾间质浸润细胞的类型以及纤维化的程度,有助于治疗方案的制定和进行预后评估。
急性间质性肾炎光镜下主要表现为肾间质水肿、灶性或弥漫性炎性细胞浸润,药物引起以及全身感染相关性急性间质性肾炎,多数是以淋巴细胞和浆细胞浸润为主,还可以见到较多的嗜酸性粒细。特发性间质性肾炎患者主要是单核细胞、淋巴细胞浸润,偶可以见到嗜酸性粒细胞浸润。细菌直接感染引起的急性间质性肾炎以中性粒细胞浸润为主,病毒感染时则以单核细胞浸润为主。肾小管可以有上皮细胞变性,灶性坏死以及再生,肾小球以及肾血管正常或病变较轻。