对于新生儿生后胎粪排出延迟,24小时以后才排胎便者或者不排胎便,伴有腹胀和呕吐应该考虑本病。对于婴幼儿有长期便秘史和腹胀等体征者,即应进行特殊检查。最常用的检查方法包括立位腹平片和大肠灌肠造影,典型的先天性巨结肠也常通过大肠造影机可以进行诊断,进一步的检查方法还包括直肠肌层活检。
先天性巨结肠要注意与功能性便秘相鉴别,功能性便秘是一种原因不明的慢性便秘。分为慢传输型,出口梗阻性以及混合型,排便次数少,太费力甚至较硬或成球状,排便不尽感,有时需要借助人工方式来协助排便,诊断需要钡剂灌肠或者肠镜检查排除器质性疾病。