病原体变迁和多重耐药菌株的频繁出现,使肺炎病病原学诊断更为重要,但由于途经口咽部的咳痰,受正常菌群污染,未经筛选的单次普通痰培养不可靠,痰涂片镜检有助早期初步的病原诊断,并可借此剔除口咽部菌群污染严重的不合格痰标本,而选取合格(每低倍视野鳞状状上皮细胞25个或鳞状上皮细胞白细胞小于1比2.5)标本做检查,应予重视。
涂片上见吞噬细胞内G+和G-球菌或多形短小杆菌(流感嗜血杆菌可能)极具诊断意义,但见到G-杆菌其病原学诊断价值不大,痰液洗涤和定量培养也是提高痰培养正确性的有效方法,痰中浓度超过107cfu/ml的致病菌多为肺炎的感染菌,而低于104cfu/ml者多为污染菌。
对重症疑难症病例或免疫抑制宿主肺炎,未取得精确的病原诊断,可采用自下呼吸道直接采样的方法,主要有环甲膜穿刺经气管吸引,经胸壁穿刺肺吸引,防污染样本毛刷采样,防污染支气管肺泡灌洗等。
血和胸水污染机会少,在病原诊断方法中不应忽视,此外免疫学和分子生物学方法可用于肺炎,如军团菌感染的诊断,对于传染培养方法反复,且不能在短期内检测出病原体尤为适用,不足之处是不能做药敏实验。