一,克罗恩病,本病的临床表现X线及内镜所见常和肠结核酷似,必须仔细鉴别。
二,右侧结肠癌,本病比肠结核发病年龄大常在四十岁以上,一般无发热、盗汗等结核毒血症表现,结肠镜检查及活检可以确定结肠癌的诊断。
三,阿米巴病或血吸虫病性肉芽肿,既往相应的感染史,浓血便常见,粪便常规或孵化检查发现有关病原体,结肠镜检查多有助于鉴别诊断,相应的特效治疗有效。
四,其他,肠结核有时还应当与肠恶性淋巴瘤及一些少见的感染性肠病,如非典型分枝杆菌,性病性淋巴肉芽肿,梅毒侵犯肠道等,以发热为主要表现者,需要与伤寒的长期发热性疾病相鉴别。