一般来说不同类型尿路感染的患者其预后也是不同的,急性非复杂性尿路感染患者如果进行了及时正规的抗生素治疗后,约有90%的患者是可以治愈的,10%可以转为持续性细菌尿或者是反复再发尿路感染。复杂性尿路感染临床治愈率比较低,很容易复发,除非祛除了一些易感因素,否则是很难治愈的。而部分急性发作尿路感染患者经过治疗后仍然可以存在无症状性细菌尿,约占10%左右,无症状性细菌尿患者在漫长的病程中可以反复发生急性尿路感染发作。
对于严重的急性肾盂肾炎患者多见于复杂性尿路感染,尤其是伴有尿路梗阻的患者,部分患者可伴发急性肾乳头坏死,甚至会发生急性肾功能衰竭、败血症等,病灶感染穿破肾包膜可以引发肾周脓肿或者是肾盂积脓。而慢性肾盂肾炎迁延不愈的患者可以逐渐进展为终末及肾功能衰竭。