川崎病是一种自限性疾病,所以多数的患者预后良好。大概有1%到2%的患儿可以出现川崎病的复发,对于没有冠状动脉病变的患儿在出院后一个月、三个月、六个月以及一到两年,要进行一次全面的体格检查,包括进行体检,做心电图和超声心动图等,观察有没有心律失常以及心脏结构的改变。
对于未经有效治疗的患儿,大约有15%到25%发生冠状动脉瘤,所以更应长期密切随访,每六到十二个月进行一次。冠状动脉瘤多于病后两年内自行消失,但是常常可能遗留管壁增厚和弹性减弱等功能异常。大的动脉瘤常不易完全消失,常常导致血栓形成或者官腔狭窄。