支气管镜已广泛用于气道、肺实质及纵膈等胸部疾病的诊断。主要用于不明原因的慢性咳嗽,特别是对那些支气管结核、异物的吸入、良恶性肿瘤具有重要的意义。不明原因的咳血或痰中带血。不明原因的局限性的哮鸣音或声嘶,特别是患者痰中找到癌细胞的时候。
胸部影像学检查发现肺不张、肺部肿块、阻塞性肺炎、炎症的吸收不好、肺部弥漫性病变等均需要行气管镜的检查。有时对于气管狭窄的患者也需要行气管镜以明确狭窄的原因。另外支气管镜还可以用于镜下的治疗,例如肿瘤的局部治疗、放疗、消融、冷冻技术以及局部的切除等,还可以辅助局部的放化疗。