主要的手术风险有可能出现心内的传导阻滞以及心脏压塞,同时也可以产生肺静脉环狭窄,同时还有一定血栓栓塞的发生率,这主要是由于手术操作不当,消融面积过大而影响了心脏的传导系统,从而产生了新的心律失常,一般以传导阻滞为主要表现。同时如果在手术中操作不当,很容易出现心脏穿孔,而引起心脏压塞,同时消融点的选择错误会对肺静脉环造成不良的影响,在消融后有可能出现肺静脉环狭窄而引起相应临床症状的表现。
同时冷冻消融也会损伤心脏内膜,尤其对心脏内膜损伤后容易出现附壁血栓,如果血栓脱落很容易进入颅脑循环而导致新的脑卒中情况发生。