感染性心内膜炎的预后与所感染的微生物的毒性、患者的总体健康状况、相关的瓣膜结构、感染期是否出现充血性心力衰竭等因素均有关系。尽管经过最好的内外科治疗,金葡菌心内膜炎的病死率仍为20%-40%,相反链球菌心内膜炎预后情况普遍良好,90%-95的由草绿色链球菌引起的心内膜炎患者都能被内科或内外科结合治愈。
有其他种类的链球菌引起的该病患者预后状况也同样良好,真菌性心内膜炎,事实上不可能由内科方法治愈,仅有小部分的患者用抗真菌结核外科治疗得到治愈,即使认为感染区已经过彻底的治疗,但这些患者也应该延长抗真菌治疗的时间。