两阶段的疗法用于活动性原发性肺结核以及急性粟粒性结核病、结核性脑膜炎,分为两个阶段,也就是强化治疗阶段和巩固治疗阶段。在强化治疗阶段,联合应用三到四种杀菌药物,其目的在于迅速杀灭敏感菌以及生长繁殖活跃的细菌,与代谢低下的细菌,防止或者减少耐药菌株的产生。
强化治疗阶段是化学疗法的关键阶段,在长程化疗时,此阶段一般需要三到四个月,短程疗法时,一般为两个月。
巩固治疗阶段,连用两种抗结核药物,目的在于杀灭持续存在的细菌,以巩固疗效,防止复发,在长程疗法时,此阶段可长达十二到十八个月,短程疗法一般为四个月。