细菌性阴道炎并非单一的致病菌所引起,而是由多种致病菌共同作用的结果,阴道内往往常驻的菌群有乳酸杆菌,表皮葡萄球菌,大肠埃希菌,加特纳球杆菌,棒状杆菌,B族链球菌,内链球菌,支原体,白色念珠菌等,厌氧菌与需氧菌的比例一般为五比一,其中乳杆菌是阴道正常菌群内最重要的数量最多的常驻菌,能分解阴道黏膜上皮内的糖原,产生乳酸。
而使阴道保持酸性环境,有利于阴道的自净作用。
目前认为阴道内的常驻菌群是处于一个动态的平衡过程,不同微生物之间的相互依存、相互拮抗的共生关系对维持阴道的自净有直观的作用,一旦某种原因破坏阴道的微生态环境,使优势菌乳杆菌减少,而加特纳菌、厌氧菌大量繁殖,黏附于阴道上皮细胞,使上皮细胞脱落,阴道分泌物增多,可以导致细菌性阴道病,除此之外细菌性阴道病的患者阴道分泌物中还可以检出动弯杆菌属、梭杆菌属和人型支原体等,故细菌性阴道病又称多种微生物症候群。