两性霉素B的副作用包括胃肠道反应以及一些其他反应,恶心,呕吐,腹痛,发热,寒战,头痛,头晕,还可能出现贫血,血小板减少以及血栓静脉炎等。对于肝肾以及造血系统有一定的毒性作用,为了减轻这些副作用,可以在治疗前半小时以及治疗后3小时给阿司匹林,严重者可用静脉滴注氢化可的松或者地塞米松。
在用药期间,应该每隔三到七天,检查血常规,尿常规以及肝肾功能,血清肌酐大于2.5毫克每分升时,用药应该减少,尿素氮少于40毫克每分升时应该停药,停药两到五周恢复正常,再从小剂量开始给药。注射部位容易发生血栓性静脉炎,输液部位应该从四肢远端小静脉开始。