导致自然流产的原因有很多，主要有以下几个方面，
一，遗传经缺陷，早期在流产时染色体异常的胚胎占50%到60%，多为染色体数目异常，其次为染色体结构异常。
二，环境因素，影响生殖功能的外界不良因素有很多，可以直接或间接对胚胎或胎儿造成损害。
三，母体的因素，母体的因素又分为以下四个方面，
1，全身性疾病，妊娠期患急性病，高热，可引起子宫收缩而致流产。细菌毒素和病毒通过胎盘进入胎儿血液循环使胎儿死亡而发生流产，此外孕妇患严重贫血或心力衰竭，可致胎儿缺氧也可能引起流产。
2，生殖器官的疾病，孕妇因子宫畸形、盆腔肿瘤均可影响胎儿的生长发育而导致流产。
3，内分泌失调，黄体功能不足往往影响蜕膜，胎盘而发生流产。
4，创伤，妊娠期特别是妊娠早期实行腹部手术或妊娠中期外伤可刺激子宫收缩引起流产。
四，胎盘内分泌功能不足，妊娠早期时卵巢的妊娠黄体分泌孕激素外，胎盘滋养细胞亦逐渐产生孕激素，妊娠八周后胎盘逐渐成为产生孕激素的主要场所。除孕激素外，胎盘还合成其它激素，如β-人绒毛膜促性腺激素，胎盘生乳素及雌激素等，早孕时，上述激素值下降，妊娠将难以继续而导致流产。
五，免疫方面的因素，妊娠犹如同体同种异体移植，胎盘与母体间存在复杂而特殊的免疫学关系，这种关系使胚胎不被排斥。如果母儿双方免疫不适应，则可引起母体对胎盘的排斥而导致流产，有关免疫因素主要有复方的组织相容性抗原、胎儿特异抗原、血型抗原、母体细胞免疫调节失调，孕期母体封闭抗体不足及母体康复方淋巴细胞的细胞毒抗体不足等等。
