通常根据不同类型骨髓炎最常见的致病菌种类或脓液涂片,格兰染色结果初步选用合适的抗生素。对急性高度可疑为血源性骨髓炎的病例,在获得血缘标本后立即开始经验用药,如果病变部位有脓液生成,早期开窗减压可根据获得标本图片的格兰染色,初步选择抗生素,用药方式通常为静脉给药,对于儿童患者在充分合作以及敏感抗生素的基础上可采用静脉加口服给药,用药时间通常为四到六周。
慢性骨髓炎,不推荐经验用药,尽量在彻底手术清创并在获得术中标准培养结果的基础上,进行针对性抗生素治疗,如未能获得培养结果可联合使用对金黄色葡萄球菌尤其是甲氧西林耐药金黄色葡萄球菌mrsa和革兰阴性杆菌有效药物。