动脉导管未闭的危害主要与分流量的大小密切相关,由于出生后未闭合的动脉导管连接高压的体循环系统和低压的肺循环系统,两者之间的压力阶差可达100毫米汞柱以上,因此血液便会从主动脉向肺动脉分流,从而使肺循环血流量增多,肺动脉及其分支扩张,结果回流到左心室的血流量也相应增加,致使左心负荷过重左心室变大最终发展为心力衰竭和肺动脉高压。
因此,导管粗大分流量显著的患者都在婴儿期死于心力衰竭,而分流量较小的无症状患者多可生长到成年,但其中有45%的患者会在45岁之前死亡。动脉导管未闭的另一个常见并发症是感染性心内膜炎,这是因为主动脉和肺动脉的压力差值大,分流血液流速快,会冲击心内膜病损伤内皮细胞从而容易发生感染性心内膜炎,一旦发生死亡率很高,此外小部分未闭的导管会给继发性扩张形成动脉瘤,动脉瘤存在破裂风险。