丙型肝炎发病机制仍未十分清楚。丙肝病毒在肝细胞内复制引起肝细胞结构和功能改变,或干扰肝细胞蛋白合成,可造成肝细胞变性坏死,表明丙肝病毒可直接损害肝细胞导致发病。但也有观点认为,细胞免疫反应可能起重要作用,引起肝细胞损伤。
人感染丙肝病毒后,所产生的保护性免疫力很差,病毒很难自发清除,少部分急性丙肝病毒感染者可在六个月内清除病毒,而大部分患者六个月仍未清除病毒,称为慢性丙肝病毒感染。
一旦慢性丙肝发生丙肝病毒低度趋于稳定自发痊愈的病例很少,病毒持续存在导致的肝脏炎症和纤维化逐渐进展为肝硬化甚至肝癌。