狼疮性肾炎的治疗，需要根据不同的病理类型，采取不同的方式，一型轻微系模型和二型系膜增生型中，蛋白尿较少的患者无需特殊处理，动态观察。
系膜增生型中蛋白尿明显的患者，可给予中等剂量的糖皮质激素，如泼尼松龙30到40毫克，每天治疗。局灶增生型也可应用中等剂量的糖皮质激素，可联合应用细胞毒性药物，如环磷酰或硫唑嘌呤。
而对于活动性的、弥漫性的狼疮性肾炎中，具有活动病变者的治疗可分为两个阶段，诱导治疗和维持治疗。诱导治疗阶段持续约3到6个月，应联合应用糖皮质激素和细胞毒类药物。随着疾病活动的缓解，维持阶段糖皮质激素开始减量，作用相对较弱，但毒性相对较小的药物，可代替强效但毒性强的免疫抑制剂。
维持使用免疫抑制剂的目标，是防止疾病的复发和防治肾功能恶化。同时尽量减少药物的副作用，诱导缓解阶段，目前公认且有循证医学证据的方案，是泼尼松联合环磷酰胺。泼尼松起始剂量为0.8到1毫克每公斤每天，4到6周若病情开始缓解需尽快减量，4到6个月后减量到7.5到10毫克每天。
经过上述治疗，若患者在半年内病情得到控制，治疗可进入维持阶段。此阶段泼尼松维持在5到10毫克每天，免疫抑制剂可选用静脉使用环磷酰胺0.6到1.0克，每三个月一次。
