桥本甲状腺炎是甲状腺功能减退症最常见的原因。甲状腺常肿大,由于甲状腺功能区逐渐被破坏其功能减退常在多年以后才发生,由于甲状腺酶的异常,阻止甲状腺合成或者是分泌足量的甲状腺激素。
其他罕见疾病无论是由于下丘脑分泌促甲状腺激素释放激素或者是垂体分泌促甲状腺激素的不足均不能刺激甲状腺合成或者是分泌足够的甲状腺激素,还有就是食物中慢性碘缺乏可以引起甲状腺肿大。
甲状腺功能低下这是许多非发达国家甲状腺功能减退的最常见的原因,自从食盐当中添加了碘剂使用含碘消毒剂消毒奶牛乳,在美国这种类型的甲状腺功能减退已经消失。