大多数病毒性心肌炎是由肠道病毒引起,尤其是柯萨奇病毒b1到b6型多见。然后是腺病毒也是病毒性心肌炎的主要病因之一,还有其他的细小病毒b19、人类疱疹病毒六。同时这个疱疹病毒六也是引起幼儿急疹的一个病原体,呼吸道流感病毒,巨细胞病毒、轮状病毒、丙型肝炎病毒、hiv等。
近年来连续报道表明感染在心肌炎中起着重要的作用,这些病毒侵袭心肌之后与心肌细胞进行结合,破坏心肌细胞膜,干扰心肌代谢导致心肌细胞的溶解。甚至能产生一些蛋白酶溶解细胞,细胞间或者是细胞基质间的连接,导致心肌细胞完整性破坏,从而出现心肌细胞的损伤。