不同表现得白塞氏病患者预后不同,多数患者病情长期处于缓解,复发交替的状态,部分患者经过有效的治疗后能够达到痊愈,少数病例可以出现自愈,仅表现为口腔溃疡和皮疹的患者预后较好,有眼病的可使视力严重下降甚至失明。近年来虽然经过早期积极的对眼炎的治疗,但是仍有部分患者遗留有严重的视力障碍。
胃肠道受累后引起溃疡,出血,穿孔,肠瘘,吸收不良,感染等都是严重的并发症,死亡率很高,有中枢神经系统病病变的死亡率也很高,而且存活者往往有严重的后遗症,大中动脉受累后因动脉瘤破裂心肌梗死而出现突然死亡的,也并非罕见。