小儿急性心肌炎主要病因是腺病毒和肠道病毒的引起。可引起病毒性心肌炎的病毒,常见的为腺病毒(特别是血清型2及5)和肠道病毒(柯萨奇病毒A及B组、埃可病毒、脊髓灰质炎病毒),其中以柯萨奇病毒B组(CVB)最为常见。其他可引起病毒性心肌炎的病毒包括:单纯疱疹病毒、水痘及带状疱疹病毒、巨细胞包涵体病毒、风疹病毒、流行性腮腺炎病毒、C型肝炎病毒、登革热病毒、黄热病病毒、狂犬病病毒、呼吸道肠道病毒等。
近年来应用聚合酶链反应(PCR)技术检测病毒基因序列,提高了心肌炎的病因诊断。曾报道疑为病毒性心肌炎58例,患儿年龄2天~13岁,用PCR方法检测患者血液中人类小RNA病毒,阳性率为48%,其中4例进行斑点杂交,确定为柯萨奇B3病毒。以往由于病因诊断不明,所谓特发性心肌炎或间质性心肌炎,其中部分病例可能是病毒性心肌炎。