小儿心肌炎的治疗，首先是卧床，卧床休息可预防急性期心肌内病毒复制的增加，因此急性期至少完全卧床八周，待心影恢复正常，心电图改变明显好转后，开始稍微的活动，恢复期至少半天卧床六个月，心脏增大者卧床六个月以上，至心脏明显缩小，有心力衰竭者严格卧床，至心衰稳定了以后，心脏检查明显好转，再稍微的活动。
第二，是针对心肌的治疗，高浓度大剂量维生素c对纠正休克，促进心肌病变恢复是临床上常用的药物之一，肌苷也是目前临床上常用的辅助药物之一。
第三，肾上腺皮质激素和免疫制剂，肾上腺皮质激素，主要用于抢救心源性休克和三度房室传导阻滞，对其他治疗无效者也可以试试用用。
第四，是合并心衰及心源性休克的处理，对并发心衰及心源性休克，必须及时给予积极的处理，处理原则与一般心衰及心源性休克相似，包括洋地黄，血管扩张药，磷酸二酯酶抑制剂这类的，利尿剂等等。
第五，心率失常的治疗，心率失常必须积极的治疗，室上性心动过速，洋地黄治疗有效，室性心动过速可用利多卡因或者是胺碘酮。
其他治疗，近两年有静脉应用人血丙种球蛋白治疗儿童心肌炎的报告，在一些病例，可应用左心室辅助装置和主动脉球囊泵来支持心血管的系统，而在另一些患儿还可以用体外膜肺氧合治疗。
