华支睾吸虫病应与以下疾病进行鉴别的:
第一,肝片形吸虫病,该病有肝片形吸虫寄生于牛羊的胆管或肝脏引起,人偶尔食用了含有此虫、囊幼的水生植物或饮用被污染的水而感染。临床症状与华支睾吸虫病相似。梗阻性黄疸较常见,容易并发胆道出血,粪便可发现虫卵。
第二,异形吸虫病,异形吸虫病的生活史与华支睾吸虫相似,但异形吸虫主要寄生于肠黏膜深处,可随血流侵入其他脏器,造成局部栓塞与异位损害,在粪便检查时应注意鉴别。
第三,无黄疸型的病毒性肝炎,未进食未经煮熟的淡水鱼病史,但是与病毒性肝炎患者存在密切接触者,消化道症状和肝区隐痛均显著,肝功能明显异常,但是肝炎病毒的血清学检查可呈阳性,粪便检查无华支睾吸虫卵,可帮助鉴别。