先前的感染仍可在之后的阶段内继续出现,由于持续的免疫抑制状态更多的疾病将在术后一个月后出现,大多在正常宿主不会发病的病原体有可能导致严重疾病。
这个阶段尤其应该重视各种机会感染的出现,单纯疱疹病毒以及疱疹病毒、HHV6在术后一个月内被激活,其他潜在的疱疹病毒也可在术后一到六个月内激活,如cmv和eb病毒。
值得注意的是cmv病毒感染的视网膜炎,通常不会在这个阶段而出现,常于六个月之后出现,各种真菌可以在这个阶段感染。当存在曲霉菌暴露的可能时,预防性应用抗真菌药物非常关键,为了减少卡氏肺囊虫肺炎、弓形虫、单核细胞增多性氏菌和诺卡氏菌的发病,建议应用磺胺类药物。