治疗性障碍患者，需要采取综合方法，对患有器质性疾病的患者，要积极治疗原发病，药物引起者停用药物。
第一、要注意性教育及心理治疗，加强性知识指导，消除对性问题的顾虑和恐惧，修正错误性观念及性交方法，使夫妻性生活协调，心理治疗强调个体化治疗方案，常用的有精神分析法，厌恶疗法，系统脱敏疗法，家庭疗法等。
第二、就是性行为治疗，主要是通过性感集中训练，使患者逐渐适应熟悉性交过程，提高患者对性反应的自身感觉，充分享受性交的快感，减轻对性交的焦虑和恐惧，治疗过程中对方应该避免对患者性体验，性自尊心和性幻想的不良刺激，避免有害的性引诱有活动，耻骨、尾骨肌训练，对于在分娩后有盆地肌肉松弛现象，或者是耻骨尾部肌不发达的女性的特别有效。
第三、药物治疗，勃起功能障碍使用西地那非，伐地那非，或者是他达拉非等；早泄可以选用口服左旋多巴，麻黄素等促进射精的作用，三环类抗抑药，是治疗性恐怖症和抑郁的首选药物。
雌激素替代治疗，可以增加阴蒂的敏感性和性欲，减轻性交疼痛，还可以使用物理治疗，比如说电动按摩器，振荡器，阴茎模型，针对阴茎本身疾病，如伴有包皮口狭窄的，包皮过长，和包茎的患者，可以采用手术治疗，同时中药治疗和针灸治疗，对于性功能障碍，也有一定的效果。
