不同分期、不同严重程度、不同表现的甲状腺相关性眼病的治疗方案均不尽相同。大部分的甲状腺相关眼病为轻度，一般不需要治疗。但大约有5%的患者会发展为重度，需要进行干预治疗。
稳定期的甲状腺相关眼病患者，主要根据不同的临床表现进行相应的手术治疗。如果存在严重的眼球突出，可以进行眼眶减压手术。如果存在复视，可以进行斜视矫正手术。如果存在眼睑退缩，可以进行提上睑肌延长手术。活动期的甲状腺相关眼病是治疗的难点。由于尚没有完全阻断甲状腺相关眼病炎症活动的方法，所以目前的治疗手段只是尽量降低炎症活动的程度、缩短炎症活动的病程。针对甲状腺相关眼病这一常见眼眶病的活动期。
治疗措施主要包括：糖皮质激素、眼眶放射治疗、免疫抑制剂、生长激素类似物、免疫球蛋白。糖皮质激素是目前唯一被广泛接受的药物，可以口服、静脉注射、局部注射。目前已经明确静脉注射（大剂量甲强龙冲击治疗）是最佳的给药方式。
近年来，眼眶放射治疗逐渐被医学界重视，治疗效果可以与口服糖皮质激素媲美。而且，大剂量甲强龙冲击治疗联合眼眶放射治疗，对疾病的控制率显著提高，可以作为甲状腺相关眼病的非手术治疗的最终方案。免疫抑制剂、免疫球蛋白可以作为糖皮质激素、眼眶放射治疗的替代治疗方案，具有一定的疗效。生长激素类似物治疗甲状腺相关眼病，目前国际的观点并不统一，颇有争议。
因此，作为最常见的眼眶病之一，甲状腺相关眼病的治疗是一个复杂的过程，需要根据每一个患者的自身的临床表现选择最佳的治疗方案。
