首要的处理措施为积极的使用抗生素治疗,首选药物为青霉素g,对厌氧菌和革兰氏阳性球菌等需氧菌有效,同时可联合使用克林霉素、甲硝唑等相关的抗厌氧菌的药物,某些厌氧菌,如脆弱类杆菌可产生β内酰胺酶,故青霉素、三代头孢中的头孢噻肟,头孢哌酮效果不佳,对其活性强的药物有碳青霉烯类,替卡西林、克拉维酸、头孢西丁等,加为联合制剂抗菌也强,如阿莫西林克拉维酸,或联合舒巴坦等。
院内感染形成的肺脓肿,多数为需氧菌,多数有耐药菌株的出现故需选用β内酰胺类抗生素中的第二代,第三代头孢菌素,必要时联合应用氨基糖苷类,血源性肺脓肿,致病菌多为金黄色葡萄球菌,且多数对青霉素耐药的,应选用耐青霉素酶的半合成青霉素的药物,对耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌则选用糖肽类或者是利奈唑胺类,也可考虑引流,外科手术的治疗。