由于二甲双胍分子量小，能通过胎盘，因此临床医生曾担心其有致畸和对胎儿不利的作用，所以一直以来糖尿病合并妊娠患者是禁用二甲双胍的。但目前有些学者发现，多囊卵巢综合征妇女在妊娠前和妊娠过程中，应用二甲双胍并没有引起明显的围产期副反应，没有影响正常的妊娠和胎儿的正常生长发育。
美国一些医学研究也发现，在孕前和孕早期使用二甲双胍不仅不会增加胎儿畸形，而且对轻度胰岛素抵抗的患者还可以提高受孕率，最近国外一项研究发现，接受二甲双胍的363名妊娠期糖尿病妇女与370名接受传统胰岛素注射治疗比较，新生儿呼吸窘迫产生新生儿低血糖的发生率没有差异，尽管已有循证的医学的数据表明，糖尿病合并妊娠的妇女应当应用二甲双胍的安全性，但研究的样本不够大，仍需在更大人群中开展安全性的研究。
因此，糖尿病合并妊娠者仍应该首选胰岛素控制血糖，如确需要二甲双胍，应该在医生的指导监测下使用，怀孕早期尤其是前三个月和怀孕前的三个月任何药物都可能导致卵细胞和胚胎发育受到影响，建议做定期的孕检。在孕十四到十九周做唐氏筛查实验，孕22至26周做四维彩超产前排畸，如果有必要十六到二十周做羊水穿刺及积血分析，这样可以明确胎儿在宫内的发育情况，如果发现胎儿有异常应该及时终止妊娠。
