不同致病菌导致的肺脓肿疗程也是不一样的。厌氧菌感染引起的,需要六到八周即可痊愈。如果患者是由于军团菌引起的,需要的时间会适当延长,需要三到四个月。如果患者是诺卡菌肺脓肿,我们首选甲氧苄啶,磺胺甲恶唑,免疫抑制的病人平均疗程为六个月,马红球菌肺脓肿应选入两种药物联合应用大环内酯类加上环丙沙星庆大霉素,利福平或者是复方新诺明。
血源性肺脓肿为脓毒血症的并发症。应按脓毒血症治疗可选用的β内酰胺酶和青霉素或者是头孢菌素。玛莎感染应选择万古霉素,替考拉宁或者是利奈唑胺。阿米巴原虫感染应选用甲硝唑治疗,抗生素疗程六到八周。或直至X射线胸片显示脓肿或者炎症消失仅有少量残留的纤维化。