吸入性肺脓肿多合并有厌氧菌感染,青霉素对绝大多数厌氧菌都是敏感的,疗效比较好,故临床上最为常用。同时一般需要联合使用抗厌氧菌的药物,包括林可霉素,克林霉素和甲硝唑等,如果患者病情明显好转,可转为口服,可单用或联合应用青霉素,甲硝唑等,肺脓肿可用大环内酯类,或者是喹诺酮类抗生素,也可单用克林霉素联合利福平等。
免疫抑制的病人平均疗程为六个月,马红球菌肺脓肿应选择两种药物联合应用,大环内酯类加环丙沙星,庆大霉素,利福平或者是复方新诺明,血源性肺脓肿为脓毒血症的并发症,应按脓毒血症治疗,可选用青霉素或者头孢菌素,摩挲感染者应该选中万古霉素,替考拉宁,如为阿米巴原虫感染则选中甲硝唑治疗,抗生素疗程为六到八周,或直至x线胸片显示脓腔或者炎症消失,仅有少量的残留的纤维化。