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二甲双胍的主要副作用为胃肠道反应，表现为腹泻、恶心、呕吐、胃胀、乏力、消化不良、腹部不适及头痛等。这些不良反应存在明显的个体差异性，有些人吃二甲双胍不会有任何不适，该吃吃、该喝喝，但有些人则是会出现较严重的不适。这样的不良反应常见于药物的早期治疗，绝大多数患者可耐受。随着治疗时间的延长，上述的不良反应可基本消失。
1，小剂量开始给药，逐渐增加剂量。这样做能有效减少治疗初期不良反应的发生。二甲双胍的起始治疗剂量为每日3次，每次250mg。之后，逐渐增加至每日3次，每次500mg。
2，从餐前服药改为餐中或餐后给药。二甲双胍最好的服药时间为餐前半小时，但是餐前服药会增加胃肠道的不良反应，所以对于有腹泻、恶心、呕吐等反应的患者可以改为餐中或餐后服药。在副作用逐渐缓解后，再慢慢改为餐前服药。
因此，服用二甲双胍有不良反应的患者可以实施以下治疗方案：初期250mg餐中或餐后服药，逐级增加至500mg餐中或餐后服药，最后再改为500mg餐前半小时服药。
3，选择缓释片或肠溶片剂型。目前市场上的二甲双胍主要有三种剂型：普通片、缓释片和肠溶片。缓释片和肠溶片相对于普通片剂而言，可减少给药后的胃肠道反应。
