甲基苯丙胺在动物研究的时候,强烈提示有潜在的致畸性。在人类当中唇腭裂和心脏异常,已经有报道和描述。
但是有药物使用问题的女性身上,有可能会有其他的一些混杂的因素,所以这个药物和致畸方面的关系,也没有得到一个非常直接的证实,也没有证据直接能够证实妊娠头三个月,接触甲基苯胺有一致的综合征。妊娠期使用甲基苯丙胺,和不良胎儿的结局增多之间的关系得到了较为肯定的证实。
使用甲基苯丙胺和早产也有相关性。有的学者表明,研究表明甲基苯丙胺和零到十四岁儿童,长期发育的神经行为和神经认知障碍相关,比如学习障碍、注意力差、记忆力损害、皮质下结构体积减小也在这些孩子当中得到了证实。
当然这些情况也混杂了生物和社会因素,但是甲基苯丙胺是可能对发育中的大脑有神经毒性,新生儿阶段经常有报道,但是似乎有一定的自限性。