首先与埋藏阴茎进行鉴别。埋藏阴茎埋藏于下腹壁、大腿根部、阴囊皮下而失于正常外形,患者以肥胖儿居多,除存在阴茎皮肤与阴茎体分离外,阴茎皮肤缺乏和阴茎背侧挛缩的肉膜肌异常附着是其主要特征。
第二蹼状阴茎。阴茎阴囊角之间的皮肤异常连接,阴茎体腹侧皮肤呈蹼状,与阴囊相连,将阴茎体牵扯向阴囊。
第三斑痕束缚阴茎。包皮环切时切除过多的阴茎皮肤,切口瘢痕严重,或者选用包皮套过小,导致愈合后伤口狭窄,妨碍阴茎体的伸出,特别是对隐匿性阴茎患儿,误行包皮环切后,极易造成束缚阴茎,加重阴茎显露不良。
第四小阴茎。阴茎的外观结构正常,但阴茎海绵体细小,阴茎长度只及正常同龄人平均值的40%,常合并内分泌异常。