电休克治疗的最常见的不良反应就是来自于操作过程当中,使用肌肉松弛药导致的肌肉疼痛、头痛和治疗后通常发生的一小时左右的短暂性的记忆混乱,也可能发生一些记忆性的丧失,尤其是自传记忆,也就是有关个体经历的记忆,包括治疗期间的记忆丧失和较低程度的早期事件的记忆丧失。
记忆损伤微弱或在大多数患者当中并不是很明显,但是在一些患者当中要更加严重、广泛和持久,这在对电休克治疗应答较差的患者当中更突出一些,一些患者抱怨有持续性的记忆问题,尽管在电休克治疗之后新学习的内容不受影响,并且通常从抑郁症恢复过来之后有所改善,一小部分患者抱怨从电休克治疗之前很长时间到之后很长时间存在广泛持续的记忆问题。
双侧治疗比右侧单侧治疗产生认知不良反应更重一些,双额叶电休克治疗比双颞叶治疗可能产生更少的认知不良反应,但这点还没有经过充分的研究,现在有希望的结果就是右侧单侧单的极短脉冲宽度治疗,可能不良反应少一些。