肝结石的发病原因与胆道的细菌感染、寄生虫感染以及胆汁淤积有关,感染是导致结石形成的首要原因,感染的原因常见是胆道寄生虫感染,以及复发性的胆管炎,差不多所有的肝内胆管结石的患者,胆汁培养菌均可以查出细菌,感染细菌主要来源于肠道,常见的细菌是大肠杆菌以及厌氧菌。
大肠杆菌以及厌氧菌感染时产生的β葡萄糖酸醛酶,在胆道感染时产生,将生成葡萄糖酸醛肝酶能结合胆红素水解生成的游离胆红素而沉着,胆汁淤积是肝内胆管结石形成的必要条件,只有胆汁淤积的条件下,胆汁中的成分才能淤积并形成结石,引起胆汁淤积的原因有胆道炎性的狭窄,胆道畸形或者是梗阻远肝胆管压力升高,胆管扩张,胆流缓慢,从而有利于结石的形成。
此外,胆汁中的黏蛋白、酸性黏多糖,免疫球蛋白等大分子物质,及炎性渗出物、脱落上皮细胞、细菌、寄生虫以及胆汁中的金属离子等均参与结石的形成。