系统性硬皮病通常是慢性病程无法治愈,其愈后与确诊时间及是否有重要脏器并发症有关,心、肺、肾,严重病变是系统性硬皮病人的主要死亡原因,如伴进行性的肾功能不全的硬皮病肾危象、心肌炎、心律失常、肺动脉高压、心脏功能衰竭和间质性肺炎所引起的呼吸衰竭等抑制死亡,而系统性的硬皮病病变仅限于皮肤,无内脏损害者预后相对较好。
最新数据显示,由于近年来对这种疾病的认识提高,诊断的提高治疗方案及治疗药物的更新和完善,对其严重并发症的高度警惕和及时处理,系统性硬皮病人的5年生存率已经超过了80%,10年的生存率为50%~70%,目前认为弥漫性的皮肤损伤,大量的心包积液、肺动脉高压、蛋白尿、血尿、肾衰竭、贫血、血沉增快,心电图异常等,均为预后不良的因素。