服用佐匹克隆常见的不良反应有口苦、口干、头痛、困倦,少见的有晨间嗜睡、疲倦、肌无力、健忘等不良反应。长期服用本药者突然停药会出现反跳性失眠、恶心、焦虑,激动等症状。
出现不良反应可通过减少服药量来解决,也可换用其他药物。长期服用本药的患者,停药时须逐渐减少药量。肝肾功能不全者应在医生指导下谨慎使用本药。对本药过敏者,严重呼吸功能不全者,十三岁以下儿童,肌无力患者禁用本药。用药期间不能饮酒,驾驶以及操作机器,因为佐匹克隆代谢产物可经过乳汁排出,乳汁中的药物浓度可达血液中药物浓度的50%,因此哺乳期妇女不能服用本药。