由氯氮平所致的恶性综合征,在临床症状方面与传统抗精神病药物所致的大致相同。但是,氯氮平所致的恶性综合征很少出现运动异常,磷酸激酶增高不显著,中等程度的发烧,40%的患者没有出现肌肉强直。提示在氯氮平治疗中即使不出现肌肉强直,也可以诊断恶性综合症。
氯氮平治疗中往往发烧在前,椎体外系副反应在后,多数患者出现磷酸激酶增高,但多是轻度。恶性综合征可以发生在抗精神病药物治疗的任何时间,但是都是在头两周之内,氯氮平治疗的患者出现恶性综合征的平均时间是十一周,停药后缓解的时间比传统抗精神病药要长,但是也很少出现合并症或死亡。